In Shadow of Chernobyl spielt man Strelok der sich zum AKW durchschlägt wo man sich bei denrichtigen Ende entweder dem Kollektiv Bewusstsein anschliesst oder es Zerstört, damit endet das Spiel. Sidorrowitsch nennt Strelok den gezeichneten da der Name des Spielcharakters anfangs nicht bekannt ist. Als Hauptaufgabe gilt es Strelok zu Finden (der man ja selbst ist). Strelok ist ein Ehemaliger Monolith der von dem Kollektiv Bewusstsein gesteuert wird allerdings ist er nicht wie die anderen Monolither… Er kann sich dem Kollektiv Bewusstsein entziehen und ist dem „Hirnschmelezer“ gegenüber unempflindlich.
In Clear Sky geht die Geschichte weiter wo Shadow of Chernobyl aufhört: Ein Unbekannter(Strelok) hat das Zentrum der Zone erreicht und als erfahrener Stalker der unüblicherweise sogar Emmission überleben kann soll man sich auf die Suche nach demjenigen machen der die Zone betretten hat, da seitdem die Emissionen stärker geworden sind und öfter auftreten. Allerdings ist Clear Sky leider etwas verbugt, die Entwickler haben sich etwas zu viel vorgenommen was auf Kosten der Storyline ging, das Ende fanden viele Shadow of Chernobyl Fans entäuschend…
Hier noch ein Paar Worte dazu: Die gezeichneten sind Menschen die vom Kollektiv Bewustsein gesteuert werden und in die Zone gesendet werden um sie zu Beschützen, gute Menschen werden zu Monolithern, schlechte zu Zombies. Am Ende des zweiten Teils(Clear Sky) findet man sich in einem Raum mit anderen Kämpfern der Clear Sky Fraktion wieder und bekommt eine Gehirnwäsche, was mit Strelok passiert ist bleibt Ungewiss und klärt sich erst im dritten Teil (Call of Pripyat) auf…
Ein Versuch in Clear Sky Fraktionskämpfe einzuführen klappte eher schlecht als recht, auch nach insgesamt 10 Patches gab es immer wieder Bugs… Call of Pripyat wird von vielen Fans vom Gamedesign als der bestgelungenste bezeichnet und man kann ihn auch Spielen ohne die anderen Teile gespielt zu haben, allerdings werden in jedem Teil alte Fragen beantwortet und neue aufgeworfen und man findet alte Charaktere wieder. Insgesamt sind alle Teile sehr komplex und lassen viel Spielraum für eigene Interpretationen.
Am 06.11.2009 ist die deutschsprachige Version des Spiels „S.T.A.L.K.E.R. - Call of Pripyat“ erschienen. Obwohl es als Add-On bezeichnet wird, ist es - genau wie „S.T.A.L.K.E.R. - Clear Sky“ - alleine lauffähig.Im Gegensatz zu den beiden Vorgängern kam „Call of Pripyat“ nahezu ohne Bugs und damit gut spielbar auf den deutschen Markt.
„S.T.A.L.K.E.R. - Call of Pripyat“ wurde in Deutschland in zwei verschiedenen Versionen auf den Markt gebracht:
Die Ereignisse im Spiel beginnen nahezu unmittelbar nach dem Ende des ersten Teils („S.T.A.L.K.E.R. - Shadow of Chernobyl“). Der Spieler übernimmt die Rolle eines als Stalker getarnten Agenten der Regierung. Das Spiel verfügt anders als die ersten beiden Teile über keine Einführung oder Tutorial. Der Spieler wird alleine am Rande eines Gebietes „gespawnt“ und muss selbst zusehen, wie er klarkommt. Für Neu-Einsteiger ist das Spiel daher nur bedingt oder bei hoher Frustrationstoleranz geeignet; Kenner der früheren Teile finden sich hingegen schnell zurecht.